全自动菌落计数仪因其使用的自动化程度高、分析结果可核对、样品信息可留存等，已逐渐被越来越多的科研院所、卫生疾控部分所喜爱。如何选型，才能获得性能的菌落计数仪，并取得高性价比呢？这得从该类仪器的原理来解释。现今面市的所有全自动菌落计数仪均是采用成像分析法实现自动计数的，全自动菌落计数器即由【成像硬件+分析软件】所组成，这二块内容的任何一块上出现失分，都会严重影响计数分析结果的稳定性。
一、全自动菌落计数仪的成像硬件的选型 ：
成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。现今的成像硬件有拍照成像的、扫描成像的。由摄像头拍照成像的优点是：成像速度快，能确保在0.5秒内获得菌落图像。由单反相机、卡片机拍照成像的优点是：能自动对焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的时间。然而，拍照成像的致命弱点是：成像环境中的光线强度，无论是暗视野，还是背光，想要做到图像中心与边缘保持完全一致，是不可能的。从而引起平皿上亮度的不一致，这就严重干扰了菌落目标的自动识别。因此，如果要选购拍照成像的，其分析软件就一定要具有背景矫正功能，以便自动改善成像的效果。扫描成像与在灯箱中营造均匀面光源不同，是将线光源通过移动变成面光源的，全自动菌落计数器因此光线强度非常均匀，其均匀度通常比拍照灯箱的面光源要高一个数量级，从成像硬件的根本上解决了菌落目标的亮度不匀问题，因此计数分析非常稳定。目前，以300dpi分辨率（3482×2396像素成像）扫描6个90mm直径平皿的速度，暗视野成像约12秒、背光成像约20秒，就其成像速度而言，与单反相机、卡片机拍照成像的速度相当。由于扫描成像的光线均匀度远远高于拍照成像，为获得高质量的成像效果，以便实现“傻瓜式”分析。扫描成像的另一优点是：成像分辨率可调，单平皿成像zui高可达4800dpi（即：25.4/4800=0.00529mm/像素），是任何拍照成像远不及的。可以预期：扫描成像将很快成为主流选择